Студентите от четирите факултета са обединени в организация наречена Студентски съвет - СС. Тя е създадена по смисъла на закона за висшето образование и е легитимен представител на студентските интереси пред всички държавни институции, включително и ръководството на университета.СС е организацията, която защитава правата и интересите на всички студенти в Медицински университет - София. Всеки випуск избира определен брой свои представители-студентски съветници, които работят в шестте комисии на СС- учебна, научна, по социално-битовите въпроси,спортна,по връзки с общественостт,по правна и международна дейност.
Студентският съвет има право:
1. Да организира избора на свои представители в ръководните органи на висшето училище;
2. Да прави предложения за въвеждане на допълнителни учебни дисциплини;
3. Да прави предложения за покана на външни преподаватели;
4. Да организира създаването на научни специализирани студентски общности и публикуването на техни трудове;
5. При необходимост да създава и управлява свои организационни звена;
6. Да установява вътрешни и международни образователни,културни и следдипломни контакти между студентите;
7. Да изразява мнение и да прави предложения за развитието на спортната дейност във висшето училище;
8. Да участва в управлението на студентските общежития
9. Да участва в организацията на учебния процес, разпределението на стипендиите и помощите за студентите.В Общото събрание на Студентски съвет участват студенти от трите факултета, с равни квоти от по двадесет представителя. Представителите от СС участват в общото събрание на Университета с право на глас и съставляват 15% от делегатите.
Също така студентски представители има на повечето нива на управление на факултетите. Във Факултетния съвет, който е отговорен за управлението и развитието на съответния факултет, има членове на Студентски съвет с право на глас. Представители има и в Академичния съвет, който ръководи административно университета.
Студентите имат възможност да дават периодична оценка на начина на преподаване и обучение, чрез анкети, които се провеждат с помощта на СС. Това право е извоювано от самите тях, благодарение на активното им участие в изготвянето на Правилника на Университета.

Студентския Съвет на Медицински Университет София е член на националната студентска организация - представителство на студентските съвети, която също е създадена по смисъла на ЗВО. Тя е призвана да защитава интересите на студентите на национално ниво, пред институциите отговорни за цялостната политика в областта на висшето образование в България.