Студентският съвет на МУ-София се състои от Факултетни съвети на представителите към всеки факултет, както и от Съвет на представителите на Медицински колеж „Йорданка Филаретова“ и Филиал Враца.

Органите на управление на Студентския съвет са:

• Общото събрание на СС

• Председателят на СС

• Изпълнителният съвет на СС

• Контролната комисия на СС